La bioinformatique au service de l'industrie

Pour commencer son exposé, Sébastien Rigali, chercheur qualifié FRS-FNRS au sein de l’Université de Liège, nous a proposé de réfléchir à la question suivante : "A partir de quel moment la bioinformatique a-t-elle été utile à l'industrie ?". Il nous a aussi expliqué que la bioinformatique permettait de répondre à pas mal de questions de la biologie telles que « Comment transformer un pathogène de plante en un aidant pour l’agriculture ? ».
Alors qu’aujourd’hui on meurt surtout de cancers ou de crises cardiaques, dans les années 1900, la cause majeure de mort était plutôt les maladies liées à des infections relatives à des micro-organismes.
A cette période, une étude est menée sur les streptomyces, ces micro-organismes vivant dans le sol. Cette étude, qui paraissait plutôt non finançable à la base, va façonner le quotidien des gens en permettant de découvrir les antibiotiques.
Les streptomyces produisent en effet une série de composés bioactifs, tels que des antibactériens, antifongiques ou antitumoraux.
Mais comment est-ce que ces organismes développent ces composés ?

Après germination des spores, les filaments se ramifient et les hyphes aériens sont ensuite produits. Cette étape est cruciale pour la production d’antibiotiques. Avec son équipe, Sébastien Rigali s’est demandé quels gènes étaient responsables de ce passage-là.  C’est alors qu’ils ont eu l’idée de développer un software qui permettrait d’identifier les « voies de signalisation » des bactéries.  Dans le cas de l’utilisation de la thaxomine comme désherbant naturel, la bioinformatique a par exemple permis d’identifier une solution économiquement viable – en l’occurrence avec un mutant plutôt qu’avec la souche sauvage qui n’était pas rentable.

 

Dans une seconde partie, Pierre Tocquin, également chercheur à l’Université de Liège, nous a expliqué comment il avait développé la spin-off Hedera-22 avec Sébastien Rigali, Marc Hanikenne, et Denis Baurain.
A la base, un constat : le web donne beaucoup de possibilités concernant la mise à disposition de données biologiques publiques et gratuites  (largement alimentées par le monde académique). Seulement quand on a affaire à une quantité importante de données, le traitement de celles-ci peut devenir compliqué. D’autant que la personne qui traite ces données en entreprise est souvent dépourvue d'une méthodologie fiable et éprouvée qu'elle pourra reproduire à chaque analyse.
Un autre élément important dans la réflexion : l’utilisation des données biologiques produites par le monde scientifique par l’industrie des biotechs nécessite l’utilisation d’un langage compris par toute cette chaîne de valeurs.
Voilà pourquoi la clé dans le processus est de pouvoir s’appuyer sur des biologistes possédant des compétences en informatique (et non des informaticiens avec quelques connaissances en biologie).

C’est aussi l’une des raisons qui ont poussé les 4 scientifiques à lancer Hedera-22 : il s’agit de créer un environnement favorable à la stabilisation de biologistes informaticiens, et à leur formation continue, au service des entreprises de biotechnologie.
Afin d’illustrer le type de service qui peut être proposé par la spin-off,  le cas d’une problématique industrielle, récemment traitée par Hedera-22, a été présentée. Il s’agit du dévelopement d’un outil facilitant la recherche d’organismes qui produiraient des enzymes actives dans des conditions environnementales inhabituelles, voire extrêmes (température, pH, …). D’un processus complexe et laborieux, Hedera-22 en a fait un outil ergonomique, robuste et qui permet de solutionner en quelques minutes ce qui prenait auparavant des semaines ou des mois à son client.

Consultez la présentation de Sébastien Rigali (Université de Liège-Hedera 22) :